Este incomparable marco natural estuvo poblado desde tiempos remotos y, prueba de ello son diferentes vestigios arqueológicos hallados a lo largo de los años. Después de los habitantes de la Prehistoria, llegaron los romanos y el mismísimo Julio César se apeó en dichas Islas, según cuenta la leyenda. En la Edad Media los monjes Bernardos fundaron, en el centro de la Isla del Faro, el Monasterio de San Estevo, que en la actualidad acoge el Punto de Información del Parque. Más tarde llegó también hasta estos parajes Alfonso IX y ya en el s. XVI desembarcó el temible y conocido corsario inglés Francis Drake.

Las Islas Cíes se mantuvieron pobladas durante un gran período y a finales del siglo XIX se censaban 120 personas, que formaban la Parroquia de San Francisco de Afora, dependiente del Ayuntamiento de Vigo.